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ここでは歴史ゲームの花形、戦争について取り上げる。
シヴィ３の敵国ユニットは防御力の高くなる山側から攻めてきたり、補給路や資源のある部分を狙い撃ちしたりしてくる戦略性を持っている。高い難度ほど敵のユニットにボーナスが加算されているようだが、どちらにしろ一端戦争が勃発すれば、驚くほどの効率で攻撃を仕かけてくる。
戦争は、時代が進展していくつかの文明が淘汰されるころになると激しさを増し、敵の都市を奪取するのも難しくなる。たとえ制圧できても、大きな都市であれば抵抗勢力の文化嗜好を押さえ切れず、数ターン後には寝返られてしまうこともある。
また、爆撃機や船団の爆撃により、戦争に勝利したとしても国土の破壊は逃れることができない。またあまりにも好戦的な戦い方では自国民の反戦気分が上昇し、多くの自国都市で生産機能がストップしてしまうこともある。
戦力を十分に蓄えて一斉に攻撃するか、相手国に先に手を出させるように仕向けることで国民の反戦気分を先延ばしすることも必要になってくるだろう。
周囲から複数の文明の攻撃にさらされるのも、相当な脅威となる。ゲーム難度が低いか、よほど圧倒的な軍事力でないかぎりは、多対一の状況は避けたい。
これはできるだけ序盤のうちに、友好国、敵対国の選定をしておいて、各種資源の供給や締結する条約を考慮しておけば、いざ戦争という時に慌てないで済む。
細かいところでは、海戦ユニットは地上ユニットへの直接攻撃ができず、爆撃が主な任務であること。さらに飛行ユニットは、爆撃であればユニットへダメージを与えられるものの、すべては都市を起点にしたミッションベースであること。また「労働者」や「開拓者」などの自己防衛が不可能なユニットは敵の攻撃を受けると捕虜となり、敵に略奪されてしまう点にも注意が必要である。
さらに、日本の「侍」やインドの「象騎兵」、ドイツの「パンツァー」といったように、それぞれの文明に合わせたユニークユニットが用意されている。
戦争については「初期ラッシュ」と呼ばれる戦闘方法がある。ゲーム序盤、施設の建設などを後回しにして、攻撃ユニットを大量生産し、隣国の都市を一気に制圧してしまうことを言う。その場合敵国より一段階上のクラス（「剣士」が一般的だろうか）の戦闘ユニットで行うことが望ましい。
「初期ラッシュ」のメリットは、序盤であれば、他国の防衛戦力が整っていないこと、条約その他複雑な関係が世界で構築されておらず、戦争を小規模に終結させられること、隣国の大国化を防ぎこの先の時代での主導権を握ることができること、などがある。
逆に、他国に「初期ラッシュ」を仕掛けられると早々とゲーム終了となることもある（狂犬モンテスマ、武人シャカなどが近隣にいる時は要注意）。
各文明は各種の文明特性だけでなく個々のユニークユニットを活用したゲーム展開を考慮する必要もある。 攻撃ユニットは、経験を積むことでベテランユニットからエリートユニットへと成長していくという要素も面白い。
階級は下から「徴募兵」「一般兵」「古参兵」「精鋭兵」と上がっていき、「精鋭兵」まで育った戦闘ユニットは、時に「軍事リーダー」を出現させることもある。
また多くのユニットは一定の資金を払ってアップグレードをすることができ、これによって、槍兵が現代にまで存続するというような不自然さも解消できる。
さらには、隠れステータスとして、「槍兵」は「騎馬兵」に強かったり、「剣士」は「弓兵」に強いということもあり、どのユニットも確実に一長一短が設けられている。
ゲームも終盤になれば、最高の防御値を持つ「機械化歩兵」と攻撃ユニット最強の「現代機甲部隊」しか生産しなくなるが、大概そのあたりでゲームの決着が付いていることが多い（それ以上進むと泥沼の核戦争による不毛な世界が待ってたりする）。
「探検家」のように生産可能になった時点ではほとんど役に立たなくなっているユニットもある。また、敵に国籍を悟られずに済む「私略船」も、攻撃能力が１しかないために使いどころが難しい。大量に生産して海上封鎖などには利用できるかもしれないが、せめて敵の農地に危害を与えられるような爆撃能力があればよかったのではないか。
時折理不尽な勝敗がつくようなこともある。２機のタンクが２０騎の騎馬兵の群れにやられてしまう、などということはシヴィ３では珍しいことではない。
しょせんゲームは数値と数値のぶつかり合い。こういうときは黙って目を瞑り、騎兵がタンクの背後から近づいて飛び移って、操縦室に手榴弾を投げ込む姿を想像するのが正しい作法となろう。
